毕业论文检测系统隐私保护措施包括但不限于：1.数据加密：对用户上传的论文和个人信息进行加密存储和传输，确保信息安全；2.权限管理：设定不同用户角色，控制其访问权限，避免信息泄露；3.隐私协议：用户注册时需同意隐私协议，明确个人信息使用范围；4.定期审查：定期对系统进行安全审查，及时发现并解决安全漏洞。

为了保护毕业论文检测系统用户的隐私，系统运营方需要建立完善的隐私保护机制。首先，应加强数据安全管理，采用安全加密技术保护用户上传的论文和个人信息；其次，建立严格的权限控制系统，确保用户信息只被授权人员访问；此外，应建立隐私保护意识，定期对系统进行安全漏洞检测和修复工作；最后，用户隐私政策应明确规定个人信息的收集和使用范围，保障用户权益。